Sviluppo di uno strumento diagnostico per i microrganismi del suolo per migliorare la protezione delle colture
Lo sviluppo di un'agricoltura più sostenibile richiede lo sviluppo di strumenti innovativi per ridurre l'uso di prodotti fitosanitari e fertilizzanti, mantenendo la salute e la resa delle piante. In questo contesto, una diagnosi dettagliata del microbioma del suolo (tutti i microrganismi) che influenzano la salute del suolo e delle piante è di grande interesse per migliorare la sostenibilità del settore agricolo.
Tra i vari microrganismi del suolo, i protisti (eucarioti unicellulari) svolgono ruoli chiave nel funzionamento del suolo. Sono anche tra i microrganismi benefici o patogeni che hanno un'influenza significativa sulla salute delle piante e sulle rese agricole.
L'obiettivo generale di questo progetto interdisciplinare è sviluppare uno strumento molecolare basato sul sequenziamento del DNA a nanopori per tracciare un profilo accurato dei protisti del suolo, compresi quelli rilevanti per la gestione e la resa agricola.
Svilupperemo l'approccio di Oxford Nanopore Technologies (ONT) attraverso tre obiettivi:
- Progettare il protocollo di analisi utilizzando Oxford Nanopore per sequenziare l'intera lunghezza del DNA ribosomiale (che è circa 10 volte più lungo dei frammenti analizzati di routine).
- Quantificare i vantaggi di questo nuovo metodo confrontando i risultati ottenuti con l'approccio standard basato sul sequenziamento di brevi frammenti (Illumina Sequencing).
- Testare il nostro approccio in un caso specifico di una coltura spesso colpita da una malattia trasmessa dal suolo (la cocciniglia del cavolo), e quindi stabilire un legame tra il profilo microbico, le condizioni ambientali e lo stato di salute delle piante ospiti (cavolo o altre crucifere come la colza).
Questo progetto si basa sulla complementarità ideale delle attuali attività di due gruppi di ricerca. Ci permetterà di sviluppare competenze relative al microbioma del suolo, al sequenziamento Oxford Nanopore e alle analisi bioinformatiche.
Con il sostegno finanziario di altre istituzioni, il nostro obiettivo è poi quello di proporre un progetto su scala più ampia, volto a implementare il nostro approccio in aziende agricole di dimensioni maggiori.
2023 - in corso
Finanziamento: HES-SO
