Application et validation du diagnostic génétique pour déterminer la biodiversité des organismes microscopiques dans les sols suisses
?Les sols sont une ressource naturelle omniprésente et diversifiée. Ils fournissent un grand nombre de services, allant de la production agricole, à leur utilisation pour des activités récréatives. L’importance de la biologie des sols est reconnue depuis un certain temps, mais l’identification des organismes microscopiques a longtemps été entravée par l’absence d’approches analytiques appropriées. Ce n’est qu’avec l’apparition des nouvelles méthodes de génétique moléculaire qu’il a été possible de caractériser l’incroyable diversité des organismes microscopiques des sols.
Dans le projet MiDiBo-2, qui est soutenu par l’OFEV dans le cadre de la Stratégie suisse pour la biodiversité, les protistes (algues et protozoaires) (T. Heger, Changins), les bactéries et les champignons (F. Widmer, Agroscope), les nématodes (B. Frey, WSL) et les microarthropodes (J. Enkerli, Agroscope) seront analysés. Dans le cadre de ce projet, nous souhaitons parvenir à une caractérisation simple et exhaustive de la diversité de ces groupes d’organismes dans différents sols suisses en utilisant des méthodes de génétique moléculaire (metabarcoding). L’échantillonnage a été effectué dans le réseau NABObio au printemps 2020 a fournira des données de 10 forêts, 10 prairies et 9 champs agricoles.
L’objectif de cette étude est de développer une approche moléculaire standardisée permettant d’inventorier la diversité des organismes microscopiques du sol dans différents écosystèmes. Le grand avantage de cette étude, c’est qu’elle cible six groupes d’organismes distincts qui seront étudiés à partir des mêmes échantillons de sol provenant de 29 sites bien caractérisés du NABO, ce qui permettra de comparer et d’évaluer directement la diversité et les structures des communautés. A terme, le projet MiDiBo-2 fournira un inventaire national unique de la diversité des organismes microscopiques du sol et un premier aperçu de leurs interactions potentiels.
2020 – en cours
Partenaires: Agroscope Reckenholz, Institut fédéral de recherche sur la forêt, la neige et le paysage (WSL)
Financement: Office fédéral de l’environnement (OFEV)
